El monasterio de Yuste tiene su origen en la presencia de monjes jerónimos en el lugar a partir del siglo XV, pero su imagen está vinculada a la presencia del emperador Carlos V, que en 1556 decide retirarse a este apartado conjunto, construyendo en él una serie de estancias para su uso e interviniendo en su entorno natural. El proyecto de restauración se planteó siguiendo unos criterios de intervención que tuvieron en cuenta todo el monasterio en su conjunto, tanto sus construcciones (pandas y claustros, iglesia y Hospedería, el palacio de Carlos V y la Casa del Obispo), como su entorno (jardines, huertas, ermita de Belén), dentro de un marco global de actuación. Para ello con carácter previo se organizó un equipo multidisciplinar que analizó en profundidad el monasterio, su génesis, evolución histórica y las obras y transformaciones del pasado siglo.
Las obras iniciadas en 1999 pretendían resolver los problemas más urgentes del conjunto monumental, fundamentalmente eliminar las humedades procedentes del subsuelo y completar y reparar sus cubiertas, renovar las instalaciones, revestimientos y pavimentos, según los criterios de intervención de la restauración crítico-analógica, esto es, completando sólo aquellas partes o elementos imprescindibles para garantizar su conservación y comprensión, una solución intermedia entre la pura preservación del vestigio ó de la ruina y la reconstrucción tipológica. El conjunto de la intervención fue objeto de una publicación monográfica, sufragada por la Fundación Caja Madrid.